從生化角度來(lái)看，細菌正常生長(cháng)和繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA）是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲大分子，微波導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發(fā)遺傳基因或染色體畸變，甚至斷裂。微波殺菌設備正是利用電磁場(chǎng)效應和生物效應起到對微生物的殺滅作用。實(shí)踐證明采用微波裝置在殺菌溫度、殺菌時(shí)間、產(chǎn)品品質(zhì)保持、產(chǎn)品保質(zhì)期及節能方面都有明顯的優(yōu)勢。

1、微波能的熱效應：在一定強度微波場(chǎng)的作用下，食品中的蟲(chóng)類(lèi)和菌體會(huì )因分子極化現象，吸收微波能升溫，從而使其蛋白質(zhì)變性，失去生物活性。微波的熱效應主要起快速升溫殺菌作用；

2、微波能的非熱效應：高頻的電場(chǎng)也使其膜電位、極性分子結構發(fā)生改變，使微生物體內蛋白質(zhì)和生理活性物質(zhì)發(fā)生變異，而喪失活力或死亡。在滅菌中起到了常規物理滅菌所沒(méi)有的特殊作用，也是造成細菌死亡原因之一。

3、微波殺菌、保鮮是微波熱效應和非熱效應共同作用的結果。因此，微波殺菌設備溫度低于常規方法，一般情況下，常規方法殺菌溫度要120℃-130℃，時(shí)間約1小時(shí)，而微波殺菌溫度僅要70℃-105℃，時(shí)間約90-180秒。

常規熱力殺菌往往在環(huán)境及設備上存在熱損失，而微波是直接對食品進(jìn)行作用處理，因而沒(méi)有額外的熱能損耗。微波殺菌設備是通過(guò)特殊熱和非熱效應殺菌，與常規熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時(shí)間就能獲得所需的消毒殺菌效果。微波食品殺菌處理，設備能即開(kāi)即用，沒(méi)有常規熱力殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率能從零到額定功率連續可調、傳輸速度從零開(kāi)始連續調整，便于控制。