微波具有熱效應和非熱效應雙重殺菌的作用。微波熱效應殺菌機理是指：生物細胞是由水、蛋白質(zhì)、核酸，碳水化合物，脂肪和列機物等復雜化合物構成的一種凝聚態(tài)介質(zhì)。該介質(zhì)在強微波場(chǎng)的作用下，溫度升高。其空間結構發(fā)生變化或破壞，蛋白質(zhì)變性，影響其溶解度、粘度、膨脹性、穩定性，從而失去生物活性。簡(jiǎn)單地說(shuō)微波殺菌、保鮮是微波熱效應和非熱效應共同作用的結果。微波殺菌設備的熱效應主要起快速升溫殺菌作用；而非熱效應則使用微生物體內蛋白質(zhì)和生理活性物質(zhì)發(fā)生變異，而喪失活力或死亡。

以下是微波殺菌設備進(jìn)行殺菌的特點(diǎn)： 

１、時(shí)間短、速度快：常規熱力殺菌是通過(guò)熱傳導、對流或輻射等方式將熱量從食品表面傳至內部，往往需要較長(cháng)的時(shí)間，內部才能達到殺菌溫度。微波則利用其穿透射作用，以熱效應和非熱效應的共同作用，使物品內外均勻的、迅速升溫殺滅細菌。處理時(shí)間大大縮短，在強功率密度強度下，甚至只要幾秒～數十秒即達到滿(mǎn)意效果。 

２、低溫殺菌、保持其營(yíng)養成份：微波熱效應的快速升溫和非熱效應的生化作用，增強了殺菌功能。相比常規熱力殺菌在比較低溫的溫度、較短的時(shí)間內就能獲得殺菌滅蟲(chóng)的效果，一般殺菌溫度在75～80℃，處理時(shí)間3～5分鐘。微波特有加工方式能保留更多的有效成分。保持原有的色、香、味、形等風(fēng)味。如采用常規熱力處理蔬菜保留的維生素C在46～50％，微波處理能達到60～90％；常規加熱豬肝維生素A保持在58％，而微波加熱則達84％。 3、節能高效：微波熱效率高，一般在80％以上，遠遠優(yōu)于其它加熱方式。加之，微波是直接對食品（物體）進(jìn)行磁熱能量轉換，微波加熱器本身不會(huì )被加熱，因而不存在額外的熱功耗，所以節能省電，相比節能30～50％。 

４、殺菌均勻徹底：常規熱力殺菌是從物料表面開(kāi)始的，通過(guò)熱傳導，由表及里漸次加熱，內外存在溫差梯度，造成內外殺菌效果不一致，愈厚問(wèn)題就愈突出。為保持食品風(fēng)味，縮短工業(yè)微波知識普及系列之微波保鮮處理時(shí)間，就得提高處理溫度換取處理時(shí)間的縮短，然而這將使食品表面的色、香、味、形等品質(zhì)下降。而微波的穿透性，使表面與內部同時(shí)受熱，保證內外均勻殺菌。 

５、易實(shí)現自動(dòng)化流水線(xiàn)生產(chǎn)：微波設備操作簡(jiǎn)便，沒(méi)有熱慣性，能根據生產(chǎn)工藝要求實(shí)時(shí)調控。整條生產(chǎn)線(xiàn)只需1～2名操作工。 

６、工藝先進(jìn)：微波殺菌設備不需要鍋爐、復雜的管道系統、煤場(chǎng)和運輸車(chē)輛等，只需水、電基本條件即可，對廠(chǎng)房無(wú)特殊要求。投資少、見(jiàn)效快。 

７、微波殺菌設備緊湊節省占地面積：微波設備無(wú)高溫余熱，不產(chǎn)生熱輻射，能改善工作環(huán)境；而且設備結構緊湊、節省廠(chǎng)房面積。