微波殺菌設備是使食品中的微生物，同時(shí)受到微波熱效應與非熱效應的共同作用，使其體內蛋白質(zhì)和生理活動(dòng)物質(zhì)發(fā)生變異，而導致微生物體生長(cháng)發(fā)育延緩和死亡，達到食品滅菌、保鮮的目的。

微波產(chǎn)生熱效應的機理主要是離子極化和偶極子轉向。離子極化是指溶液中的離子在電場(chǎng)作用下產(chǎn)生離子極化。離子帶有電荷從電場(chǎng)獲得動(dòng)能，相互發(fā)生碰撞作用，動(dòng)能轉化為熱。偶極子轉向是指有些電介質(zhì)，分子的正負電荷重心不重合，分子具有偶極矩，形成極性分子。在外電場(chǎng)作用下，極性分子就會(huì )產(chǎn)生轉矩并發(fā)生換向“變極”運動(dòng)。分子之間會(huì )產(chǎn)生強烈振動(dòng)，引起摩擦發(fā)熱，使物料溫度升高，達到加熱目的。

根據經(jīng)典理論，在微波能量密度處于非熱效應發(fā)生條件時(shí)，非熱效應現象強于熱效應，此時(shí)可以觀(guān)察到非熱效應；但是當熱效應突出時(shí)，由于非熱效應很弱，往往為熱效應所掩蓋。

微波利用其選擇透射作用，使食品內外均勻，迅速升溫殺滅細菌。處理時(shí)間大大縮短。在強功率密度強度下甚至只要幾秒或數十秒即達滿(mǎn)意效果。微波殺菌比常規熱力殺菌在較低溫度、較短的時(shí)間內就能獲得較好的滅蟲(chóng)殺菌效果，而且無(wú)外來(lái)物污染，能夠保留更多的有效成分，保持原有的色、香、味等。

微波殺菌設備可直接使食品內部介質(zhì)分子產(chǎn)生熱效應，微波能可被屏蔽，而且裝置本身不被加熱，不需傳熱介質(zhì)，因此，能量損失少，效率比其他方法高。