微波殺菌設備是利用電磁波的熱效應和生物效應共同作用下的結果，微波的熱效應主要起快速升溫殺菌作用，而非熱效應則使用微生物體內蛋白質(zhì)和生理活性物質(zhì)發(fā)生變異，而喪失活力或死亡。

常規熱力殺菌是從物料表面開(kāi)始的，通過(guò)熱傳導，由表及里漸次加熱，內外存在溫差梯度，造成內外殺菌效果不一致，為保持食品風(fēng)味，縮短處理時(shí)間，就得提高處理溫度換取處理時(shí)間的縮短，然而這將使食品表面的色、香、味、形等品質(zhì)下降，而微波的穿透性，使表面與內部同時(shí)受熱，保證內外均勻殺菌。微波殺菌設備易實(shí)現自動(dòng)化流水線(xiàn)生產(chǎn)，微波設備操作簡(jiǎn)便，沒(méi)有熱慣性，能根據生產(chǎn)工藝要求實(shí)時(shí)調控，整條生產(chǎn)線(xiàn)只需1~2名操作工。

微波殺菌設備無(wú)高溫余熱，不產(chǎn)生熱輻射，能改善環(huán)境，而且設備結構緊湊，節省廠(chǎng)房面積。通常微波能是指在金屬制成的封閉加熱室及波導管內傳輸，進(jìn)出料口、觀(guān)察窗、爐門(mén)等處的微波泄漏嚴格控制在國家的安全標準指標內，微波不屬于放射性射線(xiàn)，又無(wú)有害氣體排放，不產(chǎn)生余熱和粉塵污染，既不污染物料，也不污染環(huán)境。

微波殺菌設備熱效應的快速升溫和非熱效應的生化作用，增強了殺菌功能。相比常規熱力殺菌在比較低溫的溫度、較短的時(shí)間內就能獲得滅蟲(chóng)殺菌效果，一般殺菌溫度在75～80℃，處理時(shí)間3～5分鐘。微波特有加工方式能保留更多的有效成分，保持原有的色、香、味、形等風(fēng)味。